燕京医学院学生办公室是学院学生日常管理和德育教育的中心部门。学生办公室负责学生的学籍管理、日常事务管理、党建和思想政治教育等多项职能。具体包括:具体制定并落实学校和学院学生工作计划,辅导员年度考核、评优相关工作;制定学生管理的规章制度;学生的日常管理工作;学生奖、勤、助、贷、困工作;处理学生违纪、学籍异动工作;年度主题教育和特色活动;学生业余党校;新生入学教育和心理健康筛查;定向学生下临床交接工作和非定向专业学生实习安排;形势与政策课;军训、军事理论课教育;征兵工作;就业工作等工作。